วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา ได้รับรางวัลอาคารอนุรักษ์ศิลปะสถาปัตยกรรมดีเด่นจากสมาคมสถาปนิกสยามในพระบรมราชูปถัมภ์                (The Association of Siamese Architects Under Royal Patronage) โดยได้รับพระราชทานรางวัลจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เมื่อวันที่ 22 มกราคม ค.ศ. 2007 ณ ศาลาดุสิดาลัย สวนจิตรลดา กรุงเทพมหานคร เนื่องจากวัดหลังปัจจุบันมีอายุ 128 ปี (ค.ศ. 1883 – ค.ศ. 2011) ซึ่งได้ใช้เวลาสร้างถึง 8 ปี แล้วเสร็จในปี ค.ศ. 1891 สมัยของเจ้าอาวาสองค์ที่ 5 ของวัด คือ คุณพ่อแปร์โร (ตรงกับสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5)
      รูปแบบของสถาปัตยกรรมของวัด เป็นสถาปัตยกรรมแบบตะวันตก (โรมันศตวรรษที่ 12) ซึ่งนับเป็นวัดนักบุญยอแซฟ หลังที่ 4
                     วัดหลังแรก   สร้างในปี ค.ศ. 1666   เป็นวัดไม้ (สมัยพระคุณเจ้าลังแบรต์)
                     วัดหลังที่สอง สร้างในปี ค.ศ. 1685   เป็นตึกถาวร แบบเรอเนสซอง (สมัยพระคุณเจ้าลาโน)
                     วัดหลังที่สาม สร้างในปี ค.ศ. 1847   สร้างบนที่วัดเดิม (สมัยพระคุณเจ้าปัลเลอกัวซ์)
                     วัดหลังที่สี่     สร้างในปี ค.ศ. 1883   ตึกแบบโรมัน (สมัยคุณพ่อแปร์โร)
       บูรณะใหม ่ โดยความเห็นชอบขอบพระคาร์ดินัลไมเกิ้ล มีชัย กิจบุญชู ซึ่งมอบหมายให้บริษัทมรดกโลกบูรณะเมื่อปี ค.ศ. 2003 แล้วเสร็จในปี ค.ศ. 2004

วัดนักบุญยอแซฟ กับรางวัลพระราชทาน

       ด้านประวัติศาสตร์ : พบว่าบรรดามิสชันนารีสมัยก่อน โดยเฉพาะพระคุณเจ้าลังแบรต์ เดอ ลา ม็อตต์ และคณะของท่าน (พระคุณเจ้าปัลลือ และคุณพ่อ    ลาโน) เป็นส่วนหนึ่งของประวัติศาสตร์กรุงศรีอยุธยาและประเทศสยาม
       ท่านและคณะได้ทำคุณประโยชน์ต่อชาวกรุงศรีอยุธยาจนเป็นที่พอพระทัย ได้เข้าเฝ้าฯ สมเด็จพระนารายณ์มหาราช เพื่อทูลเกล้าขอพระราชทานที่ดินเพื่อ  สร้างวัดโรงเรียน โรงพยาบาล และบ้านเณร
       ด้านจิตวิญญาณ : ต้องถือว่าวัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา เป็น “บ้านแรก” หรือ “จุดกำเนิดของความเชื่อคริสตชน” ในประเทศไทย เริ่มจากยุคแรกที่ทูต         โปรตุเกส รวมเวลาแล้ว 491 ปี ที่เราคริสตชนปัจจุบันได้เติบโตด้านความเชื่อ และยังคงรักษาความเชื่อนั้นไว้ได้
     สิ่งหนึ่งที่ทางสมาคมสถาปนิคสยามได้มองเห็น : นอกจากความสำคัญด้านประวัติศาสตร์และความเชื่อแล้ว เจ้าหน้าที่บางท่านของสมาคมได้ให้ข้อคิด เห็น โดยแสดงความชื่นชมว่า อัครสังฆมณฑลกรุงเทพฯ ได้ให้ความใส่ใจและทำการบูรณะวัดอย่างเป็นขั้นตอน สนใจในรายละเอียด และเป็น      รูปธรรมที่เห็นได้ชัด เช่น รูปแบบของอาคาร (วัด) ที่เด่นสง่า กระจกสี (stain glass) ที่มีคุณค่าด้านศิลปะและจิตใจ การจัดวางตำแหน่งของศพของพระคุณเจ้าลังแบรต์ เดอ ลา ม็อตต์ และพระคุณเจ้าหลุยส์ ลาโน อย่างสมเกียรติที่ด้านซ้ายและขวาภายในวัด ขั้นตอนของการขุดและเก็บรักษาอัฐิของพระสังฆราช พระสงฆ์ ในอดีต เพื่อบรรจุไว้ในที่ที่เหมาะสม รวมถึงภูมิทัศน์โดยรอบวัด เป็นต้นการที่ทางอัครสังฆมณฑลได้เปิดพื้นที่หน้าวัด ฝั่งสวนสมเด็จฯ ตรงข้ามกับบริเวณหน้าวัด เพื่อให้ตัววัดเด่นชัดขึ้น ก็ได้รับคำชื่นชมจากเจ้าหน้าที่บางท่านของสมาคมเป็นอย่างมากถึงความเอาใจใส่ การดูแลและอนุรักษ์วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา
       ปัจจุบันวัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา มีสัตบุรุษทั้งใกล้และไกล คนไทยและชาวต่างชาติก็แวะเวียนมาแสวงบุญ สวดภาวนาที่วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยาเสมอ รวม ทั้งผู้ที่มิใช่คาทอลิกที่แวะผ่านไปมา บ้างก็มาเพราะชื่นชมวัดและสถานที่ บ้างก็เห็นว่าแม้เป็นวัดคริสต์ก็เข้ามาขอพรได้เช่นกัน

รางวัลอื่น ๆ ที่ได้รับ